Описание предназначения bat-файлов
upload.bat            - Выгрузка модулей из конфигурации, необходимо изменить путь к 1С и папку
create_project.bat    - Создание нового проекта в хранилище, необходимо изменить путь к приложению
download_modules.bat  - Загрузка только измененных модулей из папки "тест", в проект "Выгрузка", с удалением всех файлов, сравнение с последней версией, измененный модуль добавляется как новая версия
download_modules2.bat - Загрузка только измененных модулей из папки "тест", в проект "Выгрузка", с удалением всех файлов, сравнение с последней версией, измененный модуль добавляется как новая версия
download_modules3.bat - Загрузка модулей из папки "тест", в проект "Выгрузка", с удалением загруженного файла из папки, с заменой последней версии 
download_modules4.bat - Загрузка модулей из папки "тест", в проект "Выгрузка", с удаленением загруженного файла, с добавлением новой версии модуля

Для того, чтобы иметь возможность оставлять файлы после их загрузки или проверки в проект - уберите параметр -d из командной строки
