Товары учтены в уТ без привязки к принципалу... Кому принадлежат товары? на какой они организации числятся? Вам нужно сделать, чтобы товар из файла стал собственностью двух компаний (принципала)?
Задача то в чем предоставить правила обмена или получить базу с остатками?
Исходная база свернута или проработаны алгоритмы получения остатков для переноса?