Как вариант подсчета количества элементов в динамическом списке, можно в запросе динамического списка воткнуть что нибудь подобное:
ВЫБРАТЬ
Подразделения.Ссылка,
Подразделения.ВерсияДанных,
Подразделения.ПометкаУдаления,
Подразделения.Предопределенный,
Подразделения.Код,
Подразделения.Наименование,
Подразделения.ГоловноеПодразделение,
ВложенныйЗапрос.Количество КАК КоличествоГоловноеПодразделение
ИЗ
Справочник.Подразделения КАК Подразделения
ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
Подразделения.ГоловноеПодразделение КАК ГоловноеПодразделение,
КОЛИЧЕСТВО(РАЗЛИЧНЫЕ Подразделения.Ссылка) КАК Количество
ИЗ
Справочник.Подразделения КАК Подразделения
СГРУППИРОВАТЬ ПО
Подразделения.ГоловноеПодразделение) КАК ВложенныйЗапрос
ПО Подразделения.ГоловноеПодразделение = ВложенныйЗапрос.ГоловноеПодразделение
Ну а в настройках делать две группировки, по головной организации и потом по КоличествоГоловнойОрганизации