Надо пройтись по договорам платежей ,что приписать к пустой ссылке см в комментарий в коде

Процедура ЗаполнитьТаблицуПлатежей(Элемент)
Список=Новый СписокЗначений;

Если Платежи.Количество()>0 Тогда
Для КАждого жж Из Платежи Цикл
Список.Добавить(жж.ПоступлениеДенег);
КонецЦикла;
КонецЕсли;
Док=Документы.ПоступлениеНаРасчетныйСчет;
НашиПлатежи=Док.Выбрать();
Пока НашиПлатежи.Следующий() Цикл
Если НашиПлатежи.Контрагент <> Заказчик Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;

Если НашиПлатежи.Проведен = Ложь Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;


Если НашиПлатежи.Контрагент.Ссылка=Заказчик Тогда
Точка=0;
Если НашиПлатежи.ДоговорКонтрагента=ГлавныйДоговор Тогда
РезПоиска=Список.НайтиПоЗначению(НашиПлатежи.Ссылка);
Если РезПоиска=Неопределено Тогда
Запись=Платежи.Добавить();
Запись.ПоступлениеДенег=НашиПлатежи.Ссылка;
Запись.Сумма=НашиПлатежи.СуммаДокумента;
Запись.ДатаПлатежа=НашиПлатежи.Дата;
ИНаче
Сообщить("Найденный документ уже в списке!");
КонецЕсли;
КонецЕсли;
КонецЕсли;


// комментарий

Если ...... .ПустаяСсылка() Тогда
суб1=НашиПлатежи.СубконтоКт1;
суб2=НашиПлатежи.СубконтоКт2;

ИмяПеречисления1=суб1.Метаданные().Имя;
ИмяПеречисления2=суб2.Метаданные().Имя;
Если ИмяПеречисления2= "ДоговорыКонтрагентов" Тогда
РезПоиска=Список.НайтиПоЗначению(НашиПлатежи.Ссылка);
Если РезПоиска=Неопределено Тогда
Запись=Платежи.Добавить();
Запись.ПоступлениеДенег=НашиПлатежи.Ссылка;
Запись.Сумма=НашиПлатежи.СуммаДокумента;
Запись.ДатаПлатежа=НашиПлатежи.Дата;
ИНаче
Сообщить("Найденный документ уже в списке!");
КонецЕсли;
КонецЕсли;
Если ИмяПеречисления1= "ДоговорыКонтрагентов"Тогда

РезПоиска=Список.НайтиПоЗначению(НашиПлатежи.Ссылка);
Если РезПоиска=Неопределено Тогда
Запись=Платежи.Добавить();
Запись.ПоступлениеДенег=НашиПлатежи.Ссылка;
Запись.Сумма=НашиПлатежи.СуммаДокумента;
Запись.ДатаПлатежа=НашиПлатежи.Дата;
ИНаче
Сообщить("Найденный документ уже в списке!");
КонецЕсли;
КонецЕсли;



КонецЦикла;




КонецПроцедуры