Сделать внешнюю обработку, которая формирует документ Ввод остатков с Режимом ввода остатков - По налоговому учету
Примерная форма обработки прилагается.
В нее добавить окно выбора Документ расчетов из документов Операции введенные вручную, добавить окно выбора Состояние расходов, добавить окно выбора Отражение в УСН. По кнопке Заполнить заполнять остаток и сумму Номенклатуры по выбранному счету на дату обработки.
По кнопке сформировать заполнять документ Ввод остатков на дату обработки.