В чем "нетиповость" конфигурации? В том, что это Акселот? Или в том, что Акселот доработанный?
Указанного:
"Импорт файлов csv, приемка товара, оформление отгрузки. Печать актов МХ1, МХ2." недостаточно для обсуждение хоть какого-то, даже ориентировочного, бюджета.
Импорт csv? Какие данные? В csv могут быть ссылки на картинке на сайте, где нужна авторизация, с каптчей. Может быть все, что угодно. Приемка товара, оформление отгрузки - это нужно автоматизировать процессы? - Эти процессы есть в типовом Акселоте. Вам нужны консультации по использованию типового функционала Акселота? Мастер-упаковки, складское размещение, логистика?
Для хотя бы приблизительной оценки нужно дополнительно общаться по данному заданию.