Думаю, что немного кода нужно добавить. Такова специфика новых конфигураций на БСП, все преимущества настройки параметров выбора, связей и другие платформенные фишки перекрываются кодом конфигурации.
Не очень понятно, где вы не видите документ в составе субконто. Предопределенное субконто ДокументыРасчетовСКонтрагентами выбирается через специальную форму "Выбор документов расчета с контрагентами". Если типы правильно прописали, новый документ должен отображаться в списке в этой форме.