В БП 3.0 есть доработанная функция для массового формирования счетов и УПД, их рассылке по клиентам и печати комплекта документов.
Нужно немного доработать эту обработку, чтобы при печати на счетах подставлялся код клиента из справочника (не типовой код клиента, а код клиента из доработанного справочника).
Возможно еще что то потребуется.