Предлагаю закрыть не одной большой, если у вас большое количество остатков с учетом аналитики, а разбивать на определенное количество проводок в каждой операции. Скажем, по 1000 проводок в каждой. Ну или вообще по каждому счету сформировать отдельную операцию. Можно указывать вручную количество проводок в операции.