Добавить новый документ "НакладнаяНаДоставку" с табличной частью "ДополнительныеУслуги" - две колонки "Статья затрат" (соответствующий справочник) и "Сумма".
Сделать обработку, которая будет по API обращаться к сервису CDЭK, получать список накладных за период и получать их.
Получить нужно только Номер накладной и таблицу "Дополнительные услуги". и в 1С создать "НакладнуюНаДоставку" с таким же номером и заполнить таблицу доп.услуг.