Операции по закрытию месяцев УТ11.4

Стояла ут 11.3, была настроена интеркампани и считалась себестоимость. Обновились до 11.4 и начались танцы с бубнами.
Схожая ситуация у многих. Проблемы с себестоимостью, фантомные отрицательные остатки, непонятные виды запасов.
Обновились до УТ 11.4.6 появился помощник закрытия месяца, который должен решать такие проблемы. Что-то решает, но не проблему до конца.
Учет в базе ведется с января 2013 года, вторая организация добавлена в январе 2018 года(и настроена интеркампани).
Нужно закрыть все месяцы, включая май 2019 года. Реальных минусовых остатков немного (30-50шт).

1С:Предприятие 8.3 (8.3.13.1690)
Управление торговлей и взаимоотношениями с клиентами:
1С:Управление торговлей (11.4.6.230) + 1С:CRM (3.0.14.11)
Версия продукта (3.0.14.16)