Есть обработка позволяющая на основании Реализации (вводится на основании счетов) создавать документ Оплата платежной картой с измененными проводками. Нужно дописать кусок по движению оплаты счетов, чтобы в журнале счетов при оплате менялся статус на оплачен или оплачен частично.