Существует способ задания цены Произвольный запрос к данным ИБ - Себестоимость с дополнительными расходами.
В панели редактирования СКД вида цены есть возможность сделать отбор по параметру "Аналитика учета номенклатуры.Место хранения", т.е. брать значения только по определенному месту хранения. При установке отбора по данному параметру цена не рассчитывается. Без отбора цена считается, но по всем местам хранения. Задача заключается в том чтобы починить отбор по реквизиту "Аналитика учета номенклатуры.Место хранения"