Были произведены изменения в конфигурацию, связанные с выгрузкой данных в клиент для мобильной торговлей. После этого при формировании сч-фактур, НДС (при наличии разных ставок) усредняется. Надо вернуть конфигурацию в нормальное состояние. Откат к старому МД файлу не подходит...