Братыгин Владимир

<Почему себестоимость не формируется по предприятию, а только в разрезе складов на котором приходуется товар. Надо <смотреть. У меня есть отчет. По которому видно какая прибыль в момент реализации.

Отчеты - Продажи- Анализ продаж - Валовая прибыль (Настройте вывод себестоимости) - увидите прибыль по организации.

В Вашем отчете, повидимому, используется текущая дата, либо он специально заточен на отслеживание вашей цепочки.
Однако, до тех пор, пока вы не оприходуете товар приходной накладной (т.е. не покажете его стоимость) даже ваш отчет покажет себестоимость равную 0.

У вас стоимость поступления появляется уже после продажи товара,
Если вы хотите видеть себестоимость на момент продажи, то документ "Поступление товаров и услуг", должен быть оформлен раньше, чем документ реализация, иначе у вас себестоимость появиться только на момент оформления поступления товаров документом "Поступление товаров и услуг".

Вот откуда программа например 6.12.2016 может знать сколько стоят товары, стоимость которых появиться только 7.12.2016

Кто не рискует, тот шампанского не пьет.
Код не бог весть какой сложный, при таком изменении документа в типовой, не обязательно искать старого разработчика, не особо сложно, имея определенный навык, разобраться.

у них, похоже, основное требование, выгружать выборочно, этот док выгружаю, а этот нет, если я конечно правильно понял.

А вообще, приведите перечень типов документов, которые нужно выгружать, потому, что если не по правилам и все типы, то это вам достаточно дорого встанет.