Если сканирует через раз, то быстрее всего проблема в оборудовании. Если сканер старый то лучше всего его заменить. Совместимость оборудования можно посмотреть либо на официальном сайте 1с, либо просто в инете, а затем уже искать нужную модель в фирмах торгующих торговым оборудованием.